Projet régional MiDiPATH

(2020-2022)

http://midipath.fr/

 Le projet MIDIPATH (MIcroscopie Digitale en anatomie et cytologie PATHologiques) a pour objectif le développement de nouveaux outils numériques, apportant aux anatomopathologistes une aide (au diagnostic et pronostic des pathologies graves) dans la détection d’élements rares, appliquée à certains types de tumeurs. 

Le projet réunit le Centre Hospitalier public du Cotentin situé à Cherbourg, le Laboratoire GREYC de l’Université de Caen et la Société Epinest, basée à Colombelles en Normandie 

Ce projet collaboratif est financé par la Région Normandie et par l’Europe (FEDER).

Le projet MiDiPATH est lauréat de l’appel à projet Oncochimie lancé par la région Normandie en partenariat avec le cluster POLEPHARMA.

(2017-2019)

MoNoMAD – Modèles Non locaux et Masse de Données : de la théorie, l'aide à la décision en Imagerie Médicale à la valorisation du Patrimoine 3D Normand

En déclinaison du Schéma Régional de l’Économie, des Entreprises, de l’internationalisation et de l’innovation (SRDEEII) et du Schéma Régional de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (SRESRI) adoptés à l’Assemblée plénière du Conseil Régional Normand du 15 décembre 2016, la Région Normandie souhaite conforter les axes de recherche d’excellence et en émergence sur le territoire normand, en finançant des projets de recherche afin: d’accroître la visibilité et l’attractivité du potentiel de la recherche du territoire normand, tout en irrigant le tissu économique de la région, promouvoir des projets d’excellence scientifique, originaux et d’intérêt pour la Normandie, permettre aux équipes de recherche de se structurer pour atteindre une reconnaissance et une visibilité européenne et internationale qui renforcera l’attractivité de la Normandie. La Région Normandie entend soutenir l’excellence et l’attractivité des laboratoires de recherche normande en cohérence avec la stratégie des établissements, des organismes et de la COMUE Normandie Université au travers de 5 Réseaux d’Intérêts Normands (RIN).

Le présent projet prend place dans le cadre du RIN Normandie Digitale.

Dans de nombreux domaines scientifiques et pour différentes applications, des données massives sont quotidiennement collectées ou générées à partir de diverses sources : Internet, imagerie numérique, maillages 3D ou nuages de points 3D, bases de données d'images ou de maillages, réseaux sociaux, réseaux biologiques, etc. Ces données de grandes dimensions avec des structures complexes ou irrégulières, sont directement générées ou peuvent être modélisées sous forme de graphes ou de fonctions à valeurs scalaires ou vectorielles définies sur des graphes. Il y a donc une demande et un intérêt croissant pour l'analyse et la valorisation de ces données. Cela débouche actuellement sur une intense activité de recherche pour le développement de nouvelles méthodes de traitement et d'analyse de données définies sur des graphes et pour l'extension vers les graphes de méthodes et de concepts classiques utilisées en traitement du signal et de l'image.

Actuellement, pour l'analyse de données massives, un grand intérêt est apporté à l'étude et à l'utilisation de modèles non locaux discrets. On peut citer par exemple les équations type p-laplacien ou laplacien infini sur graphes, l'équation de mouvement par courbure moyenne ou les modèles variationnels faisant intervenir les concepts de périmètre sur graphes comme la régularisation non locale par « total variation ou le modèle de Mumford-Shah. Ces modèles sont utilisés avec succès pour résoudre d'une manière unifiée des problèmes inverses aussi bien en traitement local ou non local des images, en traitement d'images sur nuages de points 3D qu'en analyse de donnés massives sur des graphes de topologie arbitraire.

Dans le même temps, dans le domaine continu, des avancées théoriques importantes ont été apportées sur l'étude de certaines des équivalents continus des modèles non locaux cités plus haut (p-laplacien ou Laplacien infini, équations géométriques non locales, certains modèles avec périmètre non local et courbure non locale).

Le projet MoNoMaD vise à développer les fondements théoriques permettant d'unifier, d'étudier les connexions, d'identifier et de quantifier les différences et les similarités entre les modèles non locaux continus et les modèles non locaux discrets lorsque l'on travaille sur des grands graphes.

Le volet applicatif propose trois applications majeures reliées aux données massives. Il vise quant à lui à analyser et à valoriser des données massives sous forme de nuages de points 3D ou de grandes dimensions ou de bases d'images 2D ou 3D avec des applications concrètes en imagerie médicale pour l'aide à la décision en cancérologie et pour la valorisation du patrimoine 3D culturel et historique Normand.

Partenaires :

- Laboratoire GREYC ( Groupe de Recherche en Informatique, Image, Automatisme et Instrumentation de Caen) UMR CNRS 6072 - Équipe Image.

- Service d'Anatomie et de Cytologie Pathologiques du CHPC (Centre Hospitalier Public du Cotentin).

Projet régional PLANUCA

(2015-2019)

http://planuca.datexim.com/ - https://www.facebook.com/planuca/

Avec le projet PLANUCA (PLAteforme NUmérique de pathologie pour la prise en charge des CAncers) nous voulons développer une plateforme numérique d’outils dédiés des pathologistes pour l’aide au dépistage, au diagnostic, au pronostic et à l’enseignement en pathologie tumorale. Les atouts en seraient la rapidité, la sécurité, la pertinence et la précocité des diagnostics.

PLANUCA est un travail pluridisciplinaire entre mathématiciens, informaticiens, techniciens, pathologistes, enseignants universitaires et industriels ayant déjà collaboré dans ce domaine de recherche (7 thèses – 5 programmes de recherche). Il repose donc sur la synergie de quatre acteurs : la société DATEXIM pour le développement de la suite logicielle ; le GREYC (Groupe de Recherche en Informatique, Image, Automatisme et Instrumentation de Caen) pour le développement des algorithmes ; le service d’anapath du CHPC (Centre Hospitalier Public du Cotentin) et le CHU de Caen pour l'apport des données médicales, l'expertise et les tests en conditions réelles.

Les outils développés lors de ce programme seront regroupés sous une seule et même plateforme fonctionnant en technologie full web. Les résultats seront consultables à distance sur PC et tablette.

Le financement du projet est assuré par la région Normandie et les fonds FEDER (Fonds Européens de Développement Régional) pour les dépenses de personnel et l'amortissement du gros matériel. L'association Cœur et Cancer prend en charge les frais de fonctionnement (petit matériel, déplacements).

Le programme PLANUCA comporte quatre modules :

- WP1 et WP2 sont des modules d’immunohistochimie et de biologie moléculaire appliqués au cancer du sein. L'objectif est de mettre au point un comptage automatisé pour l’évaluation de l’expression de marqueurs d'agressivité et de réponse aux traitements. L’automatisation permettra un gain de temps et de fiabilité, et une meilleure reproductibilité.

- WP3 est un module de tri informatisé des cellules en cytologie gynécologique permettant de finaliser les travaux de recherche initié avec les programmes VALTRICYT et OLOCYG. Les principaux objectifs étant de perfectionner le logiciel CytoProcessor^TM et de l'adapter à différents scanners et automates pour l'intégrer dans le fonctionnement quotidien des laboratoires de pathologie en vue de sa commercialisation.

- WP4 est un module de télé-enseignement en cytopathologie destiné aux étudiants en médecine, aux techniciens et aux pathologistes pour leur offrir la possibilité de disposer d’outils d’apprentissage et d’auto-évaluation interactifs en particulier dans le domaine de la cytologie gynécologique. Ces outils seront accessibles sur le web pour leur permettre de travailler quand ils le souhaitent et quelque soit le lieu.

Projet régional OLOCYG

(2012-2015)

https://olocyg.greyc.fr/

OLOCYG – Optimisation LOgicielle pour la Cytologie Gynécologique.

Le projet OLOCYG est un projet financé par les fonds FEDER, la Région Basse-Normandie et l'association Cœur et Cancer.
Il concerne le développement d'un logiciel pour le dépistage du cancer en cytologie gynécologique.

Le programme de recherche OLOCYG est un programme d'optimisation logiciel en cytologie gynécologique. Son but est de mettre à la disposition des médecins pathologistes un outil informatique fiable, performant et ergonomique permettant la détection des cellules précancéreuses et cancéreuses dans le cadre du dépistage des lésions du col utérin.

Partenaires :

- Laboratoire GREYC ( Groupe de Recherche en Informatique, Image, Automatisme et Instrumentation de Caen) UMR CNRS 6072 - Équipe Image.

- Entreprise DATEXIM.

- Service d'Anatomie et de Cytologie Pathologiques du CHPC (Centre Hospitalier Public du Cotentin).

Projet régional VALTRICYT

(2010-2012)

http://www.valtricyt.free.fr/

VALTRICYT - VAlidation duTRi cellulaire Informatisé en Cytopathologie Tumorale.

La cytopathologie a pour objectif l’observation l’identification et la description des modifications structurales des cellules ce qui permet au médecin pathologiste d'établir un diagnostic pour le dépistage, l'identification et le suivi des tumeurs cancéreuses . Pour cela, peu d’outils informatiques sont disponibles pour l’aide numérique au diagnostic. Les moyens de stockage et de calcul ayant considérablement évolué ces dernières années, les outils de traitement numérique de données et la cytométrie par analyse d’images développés en recherche fondamentale sont maintenant de plus en plus utilisés en cytopathologie tumorale. Ainsi, le médecin pathologiste se voit doté de nouveaux instruments d’observation, d'interprétation et d’analyse pour l’assister. Ces nouvelles technologies ouvrent la voie à la Pathologie Numérique, beaucoup plus informative et performante.

Le service d’Anatomie et de Cytologie Pathologiques du CHPC et l’Université de Caen Basse-Normandie (Laboratoire GREYC UMR CNRS 6072, Équipe Image, Sites délocalisés de la Manche) se sont associés depuis plus de dix ans afin de proposer des solutions innovantes pour une révolution numérique en Pathologie.

Le projet VALTRICYT s’inscrit dans ce cadre et vise à mettre au point et valider des outils de quantification modernes (reposant sur l’analyse d’images et de données) et reproductibles afin d’améliorer le dépistage, le diagnostic et le suivi thérapeutique des cancers.

Durant le projet VALTRICYT, le CHPC et l’Université de Caen Basse-Normandie ont pour objectif de valoriser leurs recherches fondamentales conjointes par une validation anatomo-clinique. Cette validation sera effectuée par des études rétrospectives et prospectives dans le domaine de la cytopathologie des liquides des cavités corporelles, des tumeurs de bas grade du rein,des tumeurs pulmonaires et gynécologiques.

Le projet inclut :

- la validation d’outils d’analyse existants.

- la validation de leurs applications en cytopathologie.

- la validation des outils en cours de développement par le GREYC.

Partenaires :

- Laboratoire GREYC ( Groupe de Recherche en Informatique, Image, Automatisme et Instrumentation de Caen) UMR CNRS 6072 - Équipe Image.

- Entreprise DATEXIM.

- Service d'Anatomie et de Cytologie Pathologiques du CHPC (Centre Hospitalier Public du Cotentin).

(2007-2009)

CLOCYT - Composants LOgiciels pour la CYTopathologie.

La microscopie constitue une grande activité d'observation dans le domaine médical. Le microscope reste actuellement l'instrument irremplaçable d'observation des tissus, des cellules et des structures. L'examen microscopique est fastidieux et la qualité de son analyse dépend étroitement de l'attention de l'expert pathologiste.

Le projet CLOCYT a pour but d'industrialiser un outil d'aide au diagnostic pour les médecins anatomo-pathologistes. Ce dernier sera constitué d'une station d'analyse de microscopie conçue à partir d'un ensemble de composants logiciels mixant des développements effectués dans un laboratoire de recherche et des développements réalisés par une société commerciale. Ces composants permettront de mettre en œuvre des systèmes de contrôle qualité du diagnostic par une automatisation de l'étude microscopique pour la recherche et l'analyse des cellules principalement cancéreuses.

Durée : 2 ans, financement ITIC, total 120368€.

Partenaires :

- Laboratoire Universitaire des Sciences Appliquées de Cherbourg (LUSAC), groupe Vision et Analyse d'Images (VAI).

- La société ADCIS (Advanced Concepts in Imaging Software).

- Le service d'anatomie et de cytologie pathologiques de l'hopital Pasteur de Cherbourg.

(2001-2003)

ADAIMIC - Aide au Diagnostic par Analyse d’Images en MIcroscopie Cellulaire

Le projet ADAIMIC s’inscrit dans un contexte d’aide au diagnostic médical en microscopie cellulaire. Il regroupe deux laboratoires : le GREYC et le LUSAC de Cherbourg, et deux centres hospitaliers : l’hôpital Pasteur de Cherbourg et le centre François Baclesse de lutte contre le cancer à Caen.

L’objectif du projet est de développer un système informatisé général et non dédié, fondé sur l’analyse d’images en histologie et cytologie pathologiques. La mise en place d’un système peut apporter au médecin pathologiste un plus dans le domaine de l’assurance qualité en vue du dépistage, de l’amélioration du diagnostic et de l’aide au suivi thérapeutique.

Ce projet sur 3 ans (2001-2003) a reçu un financement Région-Feder d’un montant de 450 000 Francs.

Partenaires :

- Groupe de Recherche en Informatique, Image, Automatisme et Instrumentation de Caen (GREYC).

- Laboratoire Universitaire des Sciences Appliquées de Cherbourg (LUSAC).

- GRECAN.

- Service d'anatomie et de cytologie pathologiques de l’hôpital Pasteur de Cherbourg.